Phenome-Emphasis développe des équipements pour des milliers de plante, ainsi  que des méthodes pour analyser la variabilité génétique des réponses des plantes au changement climatique (sécheresse, CO₂, élevé, hautes températures, maladies émergentes). Le projet a:

• Construit ou amélioré des installations en neuf sites français en serre, en champs fortement équipés et dans des réseau de champs à équipement plus simple.
• Développé de nouveaux capteurs, des robots pour l'acquisition des données, des chaines de traitement et des systèmes d'information capable de gérer des millions de données.
• Disséminé les techniques et les méthodes vers la communauté française de phénotypage (compagnies semencières, instituts techniques, recherche publique).
• Favorisé l'émergence de PME fournisseuses de technologies.

Phenome-Emphasis continue ces activités, mais a aussi identifié de nouveaux défis.

• Faciliter la transition agro-écologique avec des équipements et des méthodes pour analyser les interactions entre les plantes et d'autres organismes (micro-organismes, insectes, autres plantes).
• Déployer un système d'information et des outils pour que les données collectée soient ouvertes et disponibles, avec toutes les informations nécessaires.
• Pleinement insérer ses activités dans un contexte européen. 

Phenome-Emphasis est une infrastructure nationale en biologie santé (INBS) financée par l'ANR jusqu'à 2024, listée sur la feuille de route française pour les infrastructures, habilité par le GIS Biotechnologies Vertes et les pôles de compétitivité Céréales Vallée, Nutravita, Terralia, Végépolys et Vitagora. Il coordonne un projet européen infrastructure (EPPN²⁰²⁰) et est WP leader dans la phase préparatoire pour une infrastructure européenne (EMPHASIS, feuille de route ESFRI 2016).